Sekarang Naruto adalah manga yang paling terkenal dan naik daun di seluruh dunia. Perkembangan dan popularitas serial ini dapat disamakan dengan popularitas manga terkenal Dragon Ball karya Akira Toriyama. Sejak awal penerbitannya, Naruto telah memancing permunculan ribuan situs fan yang berisi informasi rinci, panduan, dan forum internet tentang manga ini. Beberapa situs terkenal muncul setelah versi Inggrisnya diterbitkan pada bulan Agustus 2003. Selain itu, muncul pula situs-situs yang menyediakan pindaian manga versi Jepang yang telah diterjemahkan ke dalam bahasa Inggris yang dapat diunduh secara gratis.

Kebanyakan nilai-nilai dalam cerita Naruto ditampilkan secara eksplisit melalui dialog ataupun tingkah laku tokoh-tokohnya, hal ini membuat Naruto menjadi cerita yang menarik dan mudah dipahami. Nilai yang paling sering muncul dalam cerita Naruto adalah persahabatan. Naruto, pada awal cerita, merupakan seseorang yang terkucil dan tidak memiliki teman. Ia rela berbuat apapun termasuk menjadi badut di kelasnya untuk mendapatkan teman. Begitu juga dengan Kakashi, yang kehilangan semua temannya; Sasuke, yang seluruh anggota keluarganya dibunuh; Gaara, yang hampir dibunuh teman terdekatnya; Iruka, yang orang tuanya terbunuh Kyuubi; Hinata, yang kekurangan kasih sayang dari keluarganya, dan masih banyak yang lain.Pada awal komik, kebanyakan cerita terfokus pada Ninpou (teknik ninja).Kisah-kisah tentang pengorbanan dan persaingan (rival) juga sering muncul. "Pengorbanan demi sesuatu yang berharga" begitu menonjol pada episode menyelamatkan Kirigakure dan ujian Chuunin. Sementara itu, nilai persaingan diisi dengan persaingan antara Naruto dengan Sasuke, Kakashi dengan guru Guy, Sakura dengan Ino, Jiraiya dan Tsunade dengan Orochimaru dan lain-lain.

Naruto adalah ninja heboh nomor 1 di desa Konoha. Dia adalah orang yang ceria, hiperaktif, kikuk, sedikit bodoh, dan sangat ambisius dalam meraih cita-citanya untuk menjadi Hokage, gelar untuk pemimpin Desa Konoha.

Naruto kurang memiliki kecakapan dalam bertarung. Dia adalah seorang pemarah yang menyerang musuh tanpa pemikiran. Namun seiring dengan perjalanan yang dilaluinya, dia mulai mendapatkan pengalaman-pengalaman yang memberikannya pengetahuan tentang taktik serta tehnik bertempur yang baik. Naruto juga memiliki Chakra dengan jumlah yang sangat banyak dalam tubuhnya, terutama setelah dia mempelajari bagaimana cara mengontrol chakra Kyuubi, makhluk berkekuatan besar yang bersemayam di tubuhnya.

Dua belas tahun sebelum Naruto lulus dari akademi ninja, monster yang berbentuk rubah berekor sembilan, Kyuubi, meneror desa Konohagakure. Hokage ke-4 yang saat itu memimpin desa, mengurung dan menyegel si Rubah ekor sembilan ke dalam tubuh Naruto. Tapi sayangnya, Hokage ke-4 tewas dalam ritual penyegelan itu.

Dengan penyegelan yang dilakukannya, Hokage ke-4 berharap Naruto akan dipandang sebagai seorang pahlawan, yang terpaksa ditumbalkan untuk mengurung monster itu. Tapi sayangnya hal itu tidak terjadi. Banyak penduduk Konohagakure beranggapan bahwa Naruto tak lebih dari bocah setan pewaris darah rubah ekor sembilan yang pernah menyerang mereka, sehingga mereka membenci dan menjauhinya.Semasa kecilnya Naruto hidup dalam kesendirian. Dia tumbuh tanpa kasih sayang orang tua dan perhatian orang di sekitarnya; dia dijauhi. Karenanya, ia berusaha untuk mencari perhatian orang-orang disekitarnya, dengan berbuat jahil misalnya. Dia berusaha agar dirinya diperhatikan, agar keberadaannya diakui, dia tak segan-segan mengorbankan segalanya untuk itu.

Karena terus menerus dijauhi, Naruto berjanji untuk mewujudkan mimpinya menjadi Hokage, gelar untuk pemimpin di desanya. Sebuah mimpi yang sangat sulit untuk diwujudkannya, terutama karena tak ada satu orang pun yang membantu dan mendukungnya untuk mewujudkan mimpinya, sampai ia bertemu dengan guru Iruka.Guru Iruka sendiri memiliki masa kecil yang mirip dengan Naruto, kedua orangtuanya tewas dalam pertarungan melawan Kyuubi, yang sekarang bersemayam di tubuh Naruto. Hal ini membuat Iruka mengerti penderitaan yang dialami Naruto. Ia selalu berusaha membuat Naruto senang dan melupakan kesedihannya. Iruka adalah orang pertama yang mau mengakui keberadaan Naruto. Jika bukan karenanya, mungkin Naruto tidak akan pernah menjadi ninja seperti sekarang.

Dalam misi-misi awalnya sebagai shinobi, Naruto bersama dengan Sakura, Sasuke, dan Kakashi ditugaskan untuk mengawal Tazuna, seorang arsitek jembatan, ke negara Nami. Tetapi di tengah jalan mereka diserang oleh dua shinobi. Meskipun Shinobi tersebut berhasil mereka kalahkan, Kakashi, guru pembimbing Naruto, merasa bahwa tugas yang mereka emban terlalu berat dan tidak cocok dengan kemampuan anak didiknya. Namun didorong rasa keadilan, mereka tetap meneruskan perjalanan dengan risiko besar.

Waktu berlalu, Konohagakure mengadakan ujian chuunin untuk menentukan genin yang akan menjadi chuunin. Ujian ini diikuti desa konoha dan desa-desa tersembunyi sekitarnya. Di tengah-tengah ujian, Naruto bertemu dengan Orochimaru, seorang ninja legendaris yang amat berbahaya. Tetapi naruto pantang menyerah dan berhasil sedikit mengimbangi Orochimaru, walaupun akhirnya tak sadarkan diri. Dalam ujian ini, Naruto menunjukkan perkembangan dirinya yang amat pesat. Dia bahkan berhasil mengalahkan Neji Hyuuga dan Gaara, dua orang ninja yang dijuluki sebagai si jenius dan si monster padang pasir. Meskipun begitu, Naruto gagal mendapatkan gelar chuunin.

Setelah ujian selesai, dan satu-satunya yang menjadi chuunin adalah Shikamaru, Naruto diajak Jiraiya mencari putri Tsunade, seorang ninja penyembuh legendaris. Sambil mencari, dia diajari jutsu super sulit bernama Rasengan. Akhirnya mereka bertemu Tsunade yang ternyata telah bertemu lebih dulu dengan Orochimaru. Lalu Tsunade ditantang oleh Naruto untuk bertarung dengan hasil kekalahan telak Naruto. Tsunade lalu menantang Naruto untuk menguasai rasengan dalam seminggu. Naruto lalu berlatih keras sampai membakar tangannya sendiri. Ketika hari perjanjian sudah tiba, ternyata tsunade menemui orochimaru dan melakukan transaksi rahasia. Jiraiya, naruto dan shizune yang mengetahui hal itu menyusul tsunade. Akhirnya tsunade sadar dan berbalik melawan orochimaru dan kabuto. Pertarungan berlangsung sengit dan brutal. Masing-masin sennin mengeluarkan kuchiyose dan jutsu andalannya. Akhirnya orochimaru dan kabuto melarikan diri setelah naruto berhasil memukul mundur kabuto dengan rasengannya. Tsunade yang kalah taruhan memberikan kalungnya yang sangat mahal (konon bisa membeli dua buah gunung) kepada Naruto. Tsunade lalu menyanggupi tawaran Jiraiya untuk menjadi hokage ke-5.

Sasuke yang merasa tertinggal jauh oleh naruto, menyanggupi tawaran orochimaru untuk bergabung dengannya. Ditengah-tengah perjalanan, sasuke dicegat oleh sakura yang tetap tidak bisa mencegah sasuke untuk pergi. Kabar itu akhirnya sampai ke tsunade, dan memerintahkan tim shikamaru nara, choji akamitsu, kiba inuzuka, neji hyuuga, dan uzumaki naruto untukmengejar rombongan ninja desa oto. Mereka terlibat pertarungan satu lawan satu yang sengit. Akhirnya tinggalah naruto dan sasuke yang tersisa dan berhadapan satu sama lain di air terjun. Mereka bertarung mati-matian, dengan hasil kekalahan naruto. Sasuke yang babak belur lalu meneruskan perjalanannya sambil menyimpan dendam dan kebencian pada itachi, kakaknya. Naruto yang sudah pingsan ditemukan oleh kakashi dan dibawa ke rumah sakit. Setelah sembuh, naruto dijemput oleh Jiraiya untuk melatih dirinya menjadi lebih kuat dari sebelumnya.

Setelah hampir 3 tahun, Naruto kembali ke Konoha dengan penampilan yang baru. Dia bertemu dengan para penduduk konoha yang sudah lama tidak ditemuinya. Kakashi lalu menemuio naruto dan sakura untuk mengetes mereka, dan berakhir dengan kemenangan naruto dan sakura. Setelah tim kembali dibentuk mereka langsung mendapatkan misi mengejutkan, menyelamatkan gaara dari tangan organisasi misterius bernama Akatsuki.

Tim kakashi yang mendapat misi penyelamatan gaara langsung berangkat menuju sunagakure. Mereka berangkat terburu-buru dan bertemu temari yang langsung ikut bersama mereka. Setelah sampai di suna, mereka mendapati kankuro terkena racun mematikan oleh sasori. Para ninja medis sudah menyerah kepada kondisi kankuro mendapat berkah ketika tim kakashi datang dan sakura berhasil mentralisir racun yang ada di dalam tubuh kankuro. Mereka lalu mencari keberadaan akatsuki ditemani oleh nenek chiyo. Ditengah-tengah perjalanan mereka dicegat oleh itachi uchiha. Pertarunganpun tidak bisa dihindarkan. Setelah mereka berhasil mengatasinya, akhirnya naruto berhasil sampai ke persembunyian akatsuki dan menerobos masuk. Gaara yang pingsan dibawa kabur oleh deidara, salah satu anggota akatsuki. Naruto dan kakashi mengejar deidara, sementara chiyo dan sakura menghadapi sasori. Naruto dan kakashi lalu mengejar deidara yang menaiki burung tanah liat membawa gaara. Kakashi akhirnya berhasil memojokkan deidara dengan menggunakan mangekyou sharingan miliknya. Naruto dengan segera menghajar deidara habis-habisan, tetapi dia berhasil lolos. Tim guy yang akhirnya bisa menyusul berhasil memojokkan ( lagi ) deidara. Deidara yang kehabisan akal lalu meledakkan dirinya, yang ternyata klon tanah liat dan melarikan diri. Gaara yang sudah tidak terselamatkan, dihidupkan kembali oleh nenek chiyo, dengan ganti nyawanya sendiri.

Setelah pertempuran melelahkan melawan 2 anggota akatsuki, naruto dkk. kembali ke konoha. Kakashi yang tidak bisa bergerak akibat menggunakan mangekyou sharingan dirawat di rumah sakit dan digantikan sementara oleh juniornya, yamato. Yamato, naruto, dan sakura menjadi tim baru, dan membutuhkan 1 orang lagi. Ternyata satu orang tersebut adalah sai, yang pernah menyerang naruto. Baik naruto maupun sakura tidak menyukainya karena mulutnya yang kasar dan sikap tidak berperasaannya. Tim yamato lalu diberi misi untuk melakukan kontak dengan mata-mata sasori di jembatan tenchikyou. Dalam perjalanan naruto dan sai terus bertengkar, keadaan ini diperburuk dengan insiden pemukulan oleh sakura. Yamato yang kesal karena tidak adanya teamwork mengurung mereka bertiga dengan jutsunya, agar mereka akrab satu sama lain. Akhirnya mereka sampai di jembatan. Tetapi samaran yamato terbongkar dan terjadilah pertarungan antara kabuto dan orochimaru melawan tim yamato. Naruto yang dilanda amarah melepaskan kekuatan kyuubi hingga ekor 4. Kekuatannya yang dahsyat membuat orochimaru yang sudah sembuh kewalahan. Akhirnya orochimaru mundur bersama kabuto dan sai yang berkhianat. Naruto yang masih mengamuk akhirnya berhasil ditenangkan oleh yamato menggunakan kekuatan pohon miliknya. Naruto yang sudah sadar dinasihati oleh yamato agar jangan terlalu bergantung pada kekuatan kyuubi. Mereka lalu meneruskan perjalanan dan menemukan buku harian sai yang agak aneh. Setelah mereka sampai ke persembunyian orochimaru, mereka dihadang oleh kabuto. Tanpa diduga, sai membantu tim yamato karena tergugah dengan ikatan antara naruto dan sasuke. Mereka lalu mencari sasuke. Naruto bersama sai malah bertemu dengan orochimaru, dan naruto menyuruh sai ( yang misi utamanya adalah membunuh sasuke ) untuk mencari sasuke. Setelah bertemu sasuke, sasuke malah menyerang sai dan mengatakan pada naruto bahwa diantara mereka sudah tidak ada ikatan yang membuat naruto shock. Orochimaru lalu menyuruh sasuke dan kabuto untuk menyingkir sementara waktu.